Los relatos o crónicas nos refieren al final del Siglo XVII, específicamente al año del Señor 1670. Los vecinos del pueblo comarcal llamado "San Juan el perdido" ubicado en lo que hoy es la finca "Los Tarros", en Santa Lucía Cotzumalguapa, sufrieron el azote de las plagas de murciélagos y langostas así como epidemias de viruela, lo que imposibilitó la permanencia de los habitantes en dicho lugar, por lo que solicitan a la disposición del Muy Noble Ayuntamiento de Santiago de los Caballeros, la cédula que les autorice a trasladarse a las periferias de la ciudad santiaguita.

Esta es la primera noticia que se tiene de la imagen que, actualmente se venera como Cristo Yacente o Señor en la aldea de San Felipe.

Puede estimarse que la destrucción del Oratorio filipense construido en madera y consumido por un incendio, marque el inicio de la proliferación del culto al Señor de San Felipe, fuera de los límites de la aldea, allende las fronteras patrias, ya que la tradición oral, sustentadora de toda historia, nos cuenta en relatos que llegan hasta nuestros días en boca de antiguos de edad avanzada, que "los antiguos contaban que el Señor de San Felipe se había salvado de un pavoroso incendio en donde todo se quemó, incluso la urna que contenía la imagen del Señor, sin que ésta sufriera daños..."

Sin embargo, ya en el Siglo XX, siendo capellán del Templo de San Felipe de Jesús el Pbro. Don Pedro Guitart, disponiendo éste que los fieles ya no cabían en el templo por el incremento de la devoción al Señor Sepultado, decide en el año 1923, demoler la construcción existente con caracteres neocoloniales. Surge así una nueva construcción, más formal, en el año de 1923, cincuenta y tres años después de que el Padre Leal modificara el templo anterior, con un claro estilo arquitectónico gótico renacentista, siendo inaugurado con toda pompa y solemnidad en 1930.

El 1 de diciembre de 1984, es consagrado el nuevo templo y altar mayor con dignidad de Santuario. Ese mismo día se realizó el traslado de la imagen a su nuevo altar después de haber permanecido en una galera provisional frente al templo en la plazuela desde 1976.

El jueves de la Ascensión del Señor, 8 de mayo de 1986 revistió características especiales para los vecinos y devotos del Señor de San Felipe, al celebrarse ese día la ceremonia de Consagración del Cristo Yacente a su pueblo.

Ya en el plano de la procesión, cabe anotar que esta se realiza solamente una vez al año, en Viernes Santo, con la imagen del Señor Sepultado en el interior de la aldea. La procesión ingresa a la Antigua Guatemala desde 1942. Para este año, el entorno de la procesión en su inmenso escenario espacial/estructural cambia, pasando de las callejuelas y callejones retorcidos de su aldea para adentrarse en la ciudad modelo español colonial.

Sus procesiones extraordinarias, fuera del Viernes Santo, se refieren a eventos conmemorativos, pudiendo enumerar las procesiones de traslado después de las varias reconstrucciones de las estructuras que le han resguardado así como la misma procesión desde Santa Lucía Cotz, hasta las faldas del Cerro de San Felipe, ocasión que fue recordada el 30 de agosto de 1970 con una solemne procesión celebrando el Tricentenario de traslación. Se supone la manufactura de esta imagen en las postrimerías del Siglo XVII y se desconoce su autor. Cabe anotar la acertada intervención que realizó el Consejo Nacional para la Protección de la Antigua Guatemala preservando la imagen, restaurándola en los últimos años del Siglo XX.