En el año de 1630, un numeroso grupo de vecinos del barrio de San Francisco encomendaron al maestro antigueño Don Carlos de Bolaños, la burilación de una imagen de tamaño natural que representase a Jesús Nazareno, siendo colocada la imagen en uno de los retablos del templo donde permaneció hasta los terremotos de Santa Marta en 1773.

Posteriormente al terremoto, el Capitán Don Martín de Mayorga ordena el traslado de la ciudad y muchos vecinos deciden rescatar de los escombros a las imágenes y llevarlas consigo. Afortunadamente muchos vecinos desobedecen la orden y prefieren quedarse y reconstruir la ciudad, escondiendo y cuidando al mismo tiempo muchas imágenes que son las que actualmente permanecen en nuestra Antigua Guatemala.

Temiendo el inminente robo de la bella imagen del Nazareno de San Francisco, los vecinos la llevaron sigilosamente a la casa del señor Felipe Contreras, que estaba entonces en la llamada Casa de los Leones (esta casa es la que ocupa actualmente el Hotel Posada de Don Rodrigo). Hasta antes de 1932 la imagen estuvo guardada en la Segunda Capilla del ViaCrucis en la Calle de Los Pasos

Se afirma que el nombre de esta imagen fue una forma de expresarle arrepentimiento porque se le tuvo en el abandono hasta 1932, cuando fue sacada de la Capilla del Via Crucis, donde había permanecido desde tiempos coloniales. Anteriormente se le llamaba "de las angustias"

En el año de 1932 un grupo de vecinos se avocaron al Párroco del Nuestra Señora de Los Remedios, Sacerdote Gabriel Solares para manifestarle su intención de crear una Hermandad para el culto del Nazareno franciscano y el 25 de febrero de ese mismo año queda conformada la Hermandad de Jesús Nazareno del Perdón.

A partir de 1932 hasta 1970, año en que se completo la reconstrucción del Templo Franciscano la imagen estuvo expuesta a los fieles en la Capilla de la Tercera Orden ubicada al lado norte del templo.

En lo que respecta al cortejo procesional los datos nos indican que de 1932 a 1955 Jesús del Perdón salía del Templo de San Francisco El Grande el Martes Santo de cada año, luego de 1955 se movió la fecha procesional para el Jueves Santo, como se mantiene hasta la actualidad.

La marcha fúnebre oficial de la procesión del Jueves Santo es Jesús Nazareno del Perdón, obra del maestro Manuel Antonio Ramírez Crocker, y que fue estrenada en el año de 1964.